El molino harinero de Rueda se encuentra junto a la noria del monasterio, siendo alimentado por la misma acequia que esta, de gran caudal pero escaso desnivel. Se adosa lateralmente a uno de los machones de la noria.
Es un edificio de planta rectangular. Está construido en mampostería con refuerzos de sillar en las esquinas y en la embocadura doble del cárcavo (probablemente toda la bóveda del cárcavo sea de sillería, lo que no puedo comprobarse debido a que el interior estaba colmatado de barro). Tenía cubierta a un agua, de teja, hoy hundida.
Tenía dos plantas, la sala de molienda propiamente dicha y la del cárcavo. La superior se encuentra totalmente en ruina. En uno de sus muros se abre todavía una ventana de asiento con marco de sillería, totalmente inusual en este tipo de construcciones.
El piso inferior, en el que se abre el cárcavo, se encuentra en perfecto estado, pero no puede accederse a él debido al relleno de barro, que no fue eliminado durante la restauración del conjunto. Por este motivo no puede comprobarse la hipótesis de Blázquez y Pallaruelo, según la cual hay probabilidades de que fuera un molino de regolfo; hipótesis compartida y que se puede hacer extensiva al molino de Alborge, que se encuentra en la misma situación.